Pagrindinis Microtia.lt tikslas – suburti į vieną bendruomenę visus, artimoje aplinkoje susidūrusius su mikrotija, tam, kad galėtume įgyvendinti šiuos uždavinius:

• Lietuvos vaikų ir suaugusiųjų, turinčių mikrotiją duomenų bazės sukūrimas;
• Centralizuotas informacijos apie didžiausią su mikrotija susijusią kompetenciją turinčius Lietuvos ir užsienio medikus rinkimas ir skleidimas;
• Klausos reabilitacijos poreikių mikrotijos pacientams užtikrinimas;
• Neįgalumo nustatymo procedūrų keitimas, kad būtų objektyviai įvertinti mikrotiją turinčių asmenų specialieji poreikiai;
• Išorinės ausies atkūrimo plastinės operacijos užsienyje (įskaitant JAV) kompensavimo mechanizmų sukūrimas;
• Galimybės užsienio chirurgams operuoti Lietuvoje sudarymas ir jų darbo apmokėjimo schemų rengimas;
• Objektyvios informacijos apie šiuo metu egzistuojančius klausos reabilitacijos ir estetinius išorinės ausies atkūrimo sprendimus ir jų teikiamas galimybes rinkimas bei palyginimas, informacijos apie naujausius technologinius pasiekimus paieška ir sklaida;
• Paramos mikrotiją turinčius vaikus auginantiems tėvams teikimas ir bendruomenės renginių organizavimas.